In 1609 ontstond in Amsterdam de eerste Baptistengemeente. De Engelsman John Smith, die vanwege zijn geloof naar Nederland was gevlucht, kwam tot de overtuiging dat mensen alleen gedoopt konden worden na een persoonlijke belijdenis. Hij doopte zichzelf en ongeveer 40 anderen.
Toen er in Engeland weer ruimte kwam voor gelovigen, die niet tot de Anglicaanse kerk behoorden, keerde een deel terug naar Engeland en vormde in de omgeving van Londen de eerste Baptistengemeente. De overigen sloten zich aan bij de Doopsgezinde gemeente te Amsterdam.
In 1845 werden in Gasselternijveen 7 mensen op hun belijdenis gedoopt, onder leiding van de voormalige Hervormde predikant Dr. J.E. Feisser. Daarmee ontstond de éérste Nederlandse Baptistengemeente.
In 1881 werd de Unie van Baptistengemeenten in Nederland gesticht. De aangesloten gemeenten telden samen een kleine 600 leden. Op het moment van schrijven telt de Unie van Baptisten gemeenten in Nederland ongeveer 80 gemeenten met ca. 12.250 leden.
De Baptistengemeente Eindhoven is opgericht op 19 oktober 1925 door enkele families die in eind jaren twintig vanuit het noorden van het land naar hier zijn verhuisd en bij Philips zijn gaan werken.